El proyecto editorial del PUIC desarrolla los procesos editoriales de publicaciones impresas y electrónicas. Es importante señalar que, sin renunciar al rigor científico y académico, los textos que se publican son para lectores especializados pero también para cuadros en formación académica y para el público en general. “La Pluralidad Cultural en México”, “Informes y Estudios”, “Estado del Desarrollo Económico y Social de los Pueblos Indígenas”, “Tecnologías Tradicionales Utilitarias de México", "Las antiguas raíces" constituyen las cinco colecciones editoriales del Programa. Dentro de la primera se crearon las series “Voces indígenas” y “Cuadernos de la Cátedra Interinstitucional Arturo Warman”; mientras que en la tercera se alberga la serie “Estudios Estatales”. A la par se editan libros especializados como el Diccionario del Náhuatl en el español de México, el cual hasta el momento tiene un tiraje de 193 000 ejemplares, en coedición con el Gobierno del Distrito Federal, constituyéndose como el texto con mayor tiraje elaborado por el Programa. Es importante señalar que para efectos de edición y distribución, el Programa ha firmado un convenio de colaboración con la Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial de la UNAM.